В качестве одной из приоритетных функций АНО «ННЦК» рассматривается совместная работа в рамках установленной компетенции с высшими научно-образовательными учреждениями, реализующими исследовательские и учебные проекты в сфере противодействия незаконному обороту промышленной продукции.
В рамках договоров о сотрудничестве в научно-исследовательской, экспертной, консультативной и просветительской деятельности организовано взаимодействие ННЦК с федеральными государственными бюджетными образовательными учреждениями высшего образования «Владимирский государственный университет имени Александра Григорьевича и Николая Григорьевича Столетовых» и «Саратовская государственная юридическая академия».
В мае 2022 года ННЦК планирует провести с вузами форум-совещание, где участники будут обсуждать конкретные направления взаимодействия.